La cinquième saison est marquée par la naissance de Jamie, le petit dernier de la famille, qui était né à la fin de la quatrième saison, et de ses premières aventures. Reese cherche à gagner son indépendance, en habitant quelques temps dans un appartement, puis en s’engageant dans l’armée en fin de saison, Malcolm s’affirme de plus en plus au sein de la famille et au lycée, et la grand-mère Ida fait quant à elle son retour dans plusieurs épisodes savoureux. Quant à Hal, il connaît de problèmes avec son entreprise en fin de saison.
Épisode 1
Hal confie à Malcolm un rêve qu’il pense prémonitoire où il gagne le jackpot à une machine à sous.
Épisode 2
À cause du bébé, Lois enchaîne les nuits blanches et commence à être complètement crevée.
Épisode 3
Abe annonce à Lois et Hal que Kitty l’a quitté il y a deux mois et ne reviendra plus jamais.
Épisode 4
La famille se prépare à fêter Thanksgiving. Francis et Piama viennent exprès pour l’occasion…
Épisode 5
Herkabe charge Malcolm de réaliser un documentaire sur Reese en caméra cachée.
Épisode 6
Lois oblige Malcolm et Reese à se trouver un job.
Épisode 7
Hal est mis au chômage technique pendant les trois semaines de fêtes de fin d'année.
Épisode 8
La famille rentre plus tôt que prévu de vacances et découvre qu'une fête de quartier a lieu chaque année en leur absence.
Épisode 9
Malcolm devient le rédacteur en chef du magazine littéraire du lycée.
Épisode 10
Hal achète sans le consentement de Lois un jacuzzi.
Épisode 11
Ida vient annoncer à la famille qu’elle s’est fiancée à un certain M. Li, rencontré au cours d’une croisière.
Épisode 12
Malcolm s'inscrit au club de base-ball du Lucky Aide, sans savoir que sa mère en est l'entraîneuse !
Épisode 13
Lois est extrêmement nerveuse, car sa sœur Susan vient passer quelques jours à la maison.
Épisode 14
Malcolm se met à fréquenter Angela, une jeune fille à la réputation d'avoir une famille extravagante qui fait subir un véritable interrogatoire à chacun de ses petits copains.
Épisode 15
Après une violente dispute avec les parents, Reese quitte la maison, et se trouve un appartement.
Épisode 16
Lois accompagne Malcolm dans la visite d'une université.
Épisode 17
Hal tente d'arranger le coup entre son ami Abe et la baby-sitter de Jamie, Polly, sans savoir que Lois a fait de même avec son collègue Craig.
Épisode 18
Lois annonce à la famille que Dewey va, à son tour, passer un test de QI.
Épisode 19
Malcolm et Stevie tentent une expérience qui peut les conduire à être acceptés dans les plus grandes facultés des États-Unis.
Épisode 20
Lois fait la connaissance de sa belle-sœur, née de la relation extraconjugale de son père Victor.
Épisode 21
Hal est poursuivi par le FBI dans une affaire de malversations survenues au sein de son entreprise.
Épisode 22
Hal s'apprête à passer au tribunal. Il tombe des nues devant les accusations qu'on lui porte.